Sekretariat LCDI bertujuan untuk mendukung iklim investasi hijau, memperkuat integrasi lintas sektor dalam pengambilan keputusan serta menjadikan Indonesia sebagai leader dalam pembangunan rendah karbon. Kementerian PPN/Bappenas selaku system integrator dan think tank organization menyusun LCDI melalui pendekatan Holistic, Integrative, Thematic dan Spatial (HITS). Melalui pendekatan ini, potensi trade-off yang terjadi selama implementasi LCDI dapat diidentifikasi dan ditanggulangi agar target pembangunan setiap sektor tetap tercapai.